一、有机肥所含养分较全面，但并不平衡，不能完全满足各种作物对养分的不同需求。有机肥料所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它的养分含量低，也存在供应不平衡问题，不能满足作物高产、优质、增收的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥，做到平衡施肥，即使生产绿色食品的农田也要配施矿物肥料，并在作物生长期间根据实际情况喷施各种叶面肥，确保作物正常生长发育。
二、有机肥肥效迟缓。有机肥不仅总养分含量较低，而且肥效迟缓，在有机肥施用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。因此，要利用化肥养分含量高，肥效迅速的优点，将有机肥与化肥配合施用，缓急相济，取长补短，发挥混合优势，满足农作物生长发育过程中对各种营养元素在数量和时间上的需求。
三、有机肥需经过发酵处理。许多有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥料中含有不利于作物生长的有机化合物，所以均应经过堆沤发酵、加工处理后才能施用，生粪不能下地。
四、有机肥原料之间存在着组成、性质上的差异，从而施入土壤后，对土壤、作物的作用也存在差异。因此，应根据种植土壤的质地、气候以及种植作物的生长习性、需肥特性，选择合适的有机肥料进行合理施肥。例如：人粪尿中含有大量的氯离子，对忌氯作物应避免施用。
五、施用有机肥并不是越多越好。有机肥体积大，含养分低，需大量施用才能满足作物的生长需求，但并不是越多越好。因为有机肥料与化学肥料一样，在农业生产中也存在计量施用的问题。如果有机肥的用量太多，不仅是一种浪费，而且也可造成土壤障碍，影响作物生长发育。比如在保护地栽培中，若长期大量施用有机肥，也可导致土壤营养元素过剩，土壤盐渍化，从而引起农产品生长不良，硝酸盐含量超标，品质下降等问题。因此，生产中有机肥的施用量应根据土壤中各种养分及有机质的消耗情况合理使用，做到配方施肥、科学施肥。
六、有机肥施用方法要得当。有机肥应采用开沟条施或挖坑穴施，进行集中施肥，施后及时覆土；若采用撒施，施后应翻入土壤。一般将有机肥与化肥混合施用，效果更佳。如过磷酸钙与有机肥拌施，能大大提高肥效。
七、腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥肥效。

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